理工科学総合研究センター、高効率エネルギー変換研究センター、難処理人工物研究センター、環境量子リサイクル研究センターを統合して2004年に設置されたエコトピア科学研究機構を前身とし、2005年に設置された研究所である。これは学内措置による設置であったが、文部科学省科学技術・学術審議会学術分科会研究環境基盤部会の審議を経た2006年、文部科学大臣により中期目標の変更が提示され、正式に附置研究所と定められた。エコトピア(EcoTopia)とは、ecologyとutopiaの合成語で、環境に配慮した理想郷、環境調和型社会といったような意味である。材料技術、エネルギー技術、廃棄物処理技術、情報・通信技術などを研究している。理系研究科の教員に加えて、文系研究科の教員も参画しており、文理融合した研究が行われている。
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附属図書館は中央館、医学部分館、34の部局図書室がある。総蔵書数は約293万冊（2008年4月現在）。年間利用者は中央館のみで延べ約70万9千人、貸出冊数は約13万3千冊（2007年度）である。[13]
名古屋大学博物館は、2000年4月[14]に日本の大学が設置する総合研究博物館としては5番目の設置[要出典]。東山キャンパスの古川記念館内に設置された。名古屋大学が所蔵する学術標本の収集・研究・保護・展示や異分野交流、大学の研究成果の展示、情報発信の目的を担っている[15]。